牛津大学自然史博物馆（英语：Oxford University Museum of Natural History），有时简称牛津大学博物馆（Oxford University Museum），是牛津大学收集陈列自然史标本的大学博物馆，位于英国牛津大学基伯尔学院对面。牛津大学自然史博物馆为达尔文发表演化论的机构；创馆时的馆长为地质学家约翰·菲利普斯，为达尔文演化论的主要怀疑者之一。该博物馆的讲座大厅，曾是1860年牛津演化论大辩论的场址，现时由大学的化学、动物学及数学系所使用。
牛津大学自然史博物馆的成立标志了牛津大学发展科学及科学园区的历史意义。
馆藏文物
博物馆的展品主要来自他人捐献及科学家收集，包括来自阿什莫林博物馆的自然史标本。博物馆有收有恐龙等化石。收集的馆藏含昆虫学、地质学、矿物学与岩石学及动物学等标本.
昆虫标本：在数量和重要性上，牛津大学自然史博物馆所收藏的昆虫标本都位列英国第二，仅次于伦敦自然历史博物馆。保存有两万五千种，五百万件昆虫样品，其中与侯普-伍德沃德收藏最为著名。
地质学标本：收藏有超过一千四百种，约三十七万五千件标本，主要藏品有约克郡石炭纪标本等。
矿物标本：收藏有约三万件矿物样品，且从1998年起博物馆还负责保管全牛津大学的约五千件岩石样品。
动物标本：收藏有超过一千种的二十五万件标本，其中包括很多已经灭绝动物的标本。最有名的是世界上保留最完整的渡渡鸟标本，还有托马斯·贝尔和查理·达尔文的私人收藏。
牛津自然史博物馆可以免费参观，平均每年接待超过三十万名游客，其中有约一万五千名校方组织参观的学生，但因内部整修，2013年闭馆一年。现任博物馆馆长为保罗·史密斯教授，管理上分为四个部门：地理、矿物、动物和昆虫，每个部门都有策展人负责，除此之外还有负责教育、网络、图书馆、保存和技术方面的人员。
