牛津教学的最大特点是“导师制”。学生的导师由研究人员担任，他们多为品学俱佳的学者，在一定的领域卓有建树。导师制要求学生每周与导师见一次面，将自己一周内研究和撰写的论文向导师宣读。此外，还有许多讲座。每个讲座不论是导师还是学生，不论是高年级还是低年级，都可以自由发言，平等讨论，但在议论之后，要交作业。与导师单独见面，宣读一周内研究和撰写的论文时，导师要评论，要提问，如果论文质量不行，答辩不好，要影响成绩、影响毕业。一周一次，周复一周。
截至2013年底，牛津共有39个学院，它们和学校的关系就像美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。每一所学院都由Head of House和几个Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。6个准学院（称为“永久性私人学堂”Permanent Private Halls、为各宗教教派所办），至今还保留着它们的宗教特许状。
此外还有一个继续教育学院。在35个学院中，众灵学院没有学生，只有院士（包括访问院士）。各学院规模不等，但都在500人以下，学生、教师（院士）来自不同的专业学科。
牛津的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。
与大多数其他大学组织结构相似，牛津大学又根据专业分为不同的系。系通常在研究生教学中扮演主要角色，提供讲座、课程以及组织考试。系也通常是被外部机构包括大型研究委员会资助的研究中心。
除学院外，牛津大学的教学和研究活动（尤其是后者），主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院，不过各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。
截至2013年底，牛津大学有16个学部：人类学和地理学学部，生物科学学部，临床医学学部，英语和文学学部，法学学部，经典、哲学和古代历史学部，数学学部，中世纪和现代语言学部，现代历史学部，音乐学部，东方学学部，物理科学学部，生理科学学部，心理学学部，社会学学部，神学学部，文科学部下一般不再分系，理科学部下又分成30多个系，有的学部还设一些中心和研究所。此外，有的研究所（如教育研究所，招收有研究生）不隶属于上述各学部，而直属于大学。
