牛津的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。
与大多数其他大学组织结构相似，牛津大学又根据专业分为不同的系。立思辰留学360介绍说，系通常在研究生教学中扮演主要角色，提供讲座、课程以及组织考试。系也通常是被外部机构包括大型研究委员会资助的研究中心。
除学院外，牛津大学的教学和研究活动（尤其是后者），主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院，不过各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。
截至2013年底，牛津大学有16个学部：人类学和地理学学部，生物科学学部，临床医学学部，英语和文学学部，法学学部，经典、哲学和古代历史学部，数学学部，中世纪和现代语言学部，现代历史学部，音乐学部，东方学学部，物理科学学部，生理科学学部，心理学学部，社会学学部，神学学部，文科学部下一般不再分系，理科学部下又分成30多个系，有的学部还设一些中心和研究所。此外，有的研究所（如教育研究所，招收有研究生）不隶属于上述各学部，而直属于大学。
研究生专业
麻醉学、人类学、考古科学、建筑史、区域研究、设计史、国际人权法律、国际野生动物保护、法律、生命科学、语言语音学、文学与艺术、管理研究、材料学、数学、计算机学、数学与财务、肿瘤医学、医疗科学、现代语言、骨骼科学、生物化学、心血管医学、犯罪学、医疗保健、法律学习、化学、古希腊/罗马文学、音乐、纳米科技、神经系统科学、妇科医学、儿科学、眼科学、东方研究、网络科技、病理学、药理学、哲学、物理学、计算机科学、经济学、教育学、创意写作、发展研究、地球科学、工程科学、英语语言学、心理学、艺术、软件工程、统计学、城市发展、政治与国际关系学 公共卫生
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