牛津的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。
与大多数其他大学组织结构相似，牛津大学又根据专业分为不同的系。系通常在研究生教学中扮演主要角色，提供讲座、课程以及组织考试。系也通常是被外部机构包括大型研究委员会资助的研究中心。
除学院外，牛津大学的教学和研究活动（尤其是后者），主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院，不过各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。
截至2013年底，牛津大学有16个学部：人类学和地理学学部，生物科学学部，临床医学学部，英语和文学学部，法学学部，经典、哲学和古代历史学部，数学学部，中世纪和现代语言学部，现代历史学部，音乐学部，东方学学部，物理科学学部，生理科学学部，心理学学部，社会学学部，神学学部，文科学部下一般不再分系，理科学部下又分成30多个系，有的学部还设一些中心和研究所。此外，有的研究所（如教育研究所，招收有研究生）不隶属于上述各学部，而直属于大学。
三一学院（Trinity College）是牛津大学的一个学院，成立于1555年，位于英国牛津的宽街，介于牛津大学贝利奥尔学院和布莱克韦尔书店之间，Turl街对面。它的周围是铁栅栏而不是围墙，学院的独特的蓝色大门，使其在外观上比牛津大学其他学院更加开放的和可供访问。
三一学院背靠圣约翰学院，在圣吉尔斯街（St Giles‘）和公园路都有入口。学院除了四个主要方庭之外，还拥有一个大型的草坪和宽敞的花园，其中包括小面积的林地。10,000平方英尺（930平方米） 布莱克韦尔书店的诺林顿厅（以前院长阿瑟·诺林顿爵士的名字命名）位于学院的地下。尽管其规模庞大，但是学生人数较少，只有约400人。2010年，三一学院估计获得捐赠8100万英镑。 三一学院产生了三位英国首相，与贝利奥尔学院并列第二位。
